Historia tej wyjątkowej budowli sięga prawdopodobnie XIV wieku. Nazwa obiektu – Podzamcze – związana jest z jego lokalizacją na terenie jednego z podzamczy dawnego zespołu zamku krzyżackiego - pomiędzy dzisiejszą ul. Wapienną, gdzie przypuszczalnie mieścił się zburzony przez elbląskich mieszczan w 1454 r. zamek, a zespołem szpitala św. Ducha. Budowla charakteryzuje się prostą, zwartą bryłą, typową dla spichlerzy. Zachowane materiały źródłowe donoszą o pracach przy obiekcie w drugiej połowie XVI wieku, kolejne odnotowane przebudowy miały miejsce w XVIII i XIX wieku. Budynek wielokrotnie zmieniał swoją funkcję: służył m.in. jako magazyn czy browar (słodownia). W czasie II wojny światowej zespół podzamcza został częściowo uszkodzony, a skrzydło wschodnie całkowicie pozbawione dachu. Stropy międzykondygnacyjne uległy zniszczeniu, piwnice w części północnej wypełniły się gruzem. Około 1978 roku rozpoczęto odbudowę obiektu. W roku 1987, z okazji 750 – lecia miasta Elbląga, Podzamcze oddano do użytku Muzeum. Generalny remont budynku miał miejsce w latach 2012 – 2014 i został zrealizowany w ramach projektu dofinansowanego ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Instrumentu Sąsiedztwa i Partnerstwa. Prace remontowe nie objęły dachu będącego wówczas w stanie zadowalającym. Obecnie, ze względu na niedostateczną kondycję poszycia, podjęto decyzję o remoncie.
W ramach inwestycji zaplanowano wymianę uszkodzonych elementów deskowania i dachówki, izolację połaci dachu II piętra i lukarn, wykonanie obróbek blacharskich oraz uzupełnienie orynnowania. Roboty są realizowane przez elbląską firmę Brodziak Budownictwo. Dzięki tym pracom zabytkowy obiekt, będący jednym z niewielu reliktów przestrzennych i budowlanych dawnego kompleksu zamku krzyżackiego, zostanie zabezpieczony, a znajdujące się w budynku zbiory muzealne zyskają właściwe warunki przechowywania. Możliwe będzie także kontynuowanie w pełni prowadzonej w obiekcie i jego otoczeniu działalności kulturalnej, edukacyjnej czy związanej z popularyzacją dziedzictwa kulturowego regionu.
Agnieszka Sławińska